和空气污染比起来，和河流水污染比起来，土壤的污染似乎表现的不是那么剧烈和深刻，甚至可以让我们视而不见。但常种地的农民都知道，过量的使用化肥，轻则土地板结，重了会让酸化加剧，土壤盐碱化，甚至会污染地下水，直接的影响是地上的农作物长势差，效益低等。
根据联合国粮食及农业组织资料，从1980年到2002年的22年间，中国的化肥用量呈现了井喷，增长了61%，但是实际粮食产量却只增加了31%。化肥利用效率低，一直是农民在种植中最头大的问题。尤其是磷肥的使用率，仅仅才有10%到25%。平均到粮食和化肥的比例上，约生产9斤粮食，就要耗用1斤化肥，如果没人每月吃30斤粮食来算，那我们的人年均化肥就消耗了40斤。怪不得有人说，我们吃的可不是粮食，吃的全是“化肥”。
也有人据此延伸出一问题，那就是现在的西红柿没有以前的甜，黄瓜没有以前的脆，水果没有以前的“水甜”那味，都归结于化肥的过量使用问题，真这样吗？化肥真的影响到了蔬菜瓜果和粮食的口感以及味道吗？
首先，化肥包含了氮磷钾等各种高效营养物质，施加化肥，也就是提高了农作物中的营养物质。最显著的变化是因为化肥的使用，我国的小麦蛋白质含量从9%提高到了13%，人体内缺乏锌元素的状况也有所改善。
其次，施肥对于农作物形体的改变，个头的改变，以及着色等都有密切关系，能让农作物更具卖相。但问题恰恰就出现在施肥比例上。不科学的施用化肥，就像熬夜和常吃夜宵一样，让农民盲目地追求大果子和超高产，氮肥过量，造成植物的徒长，水分过多，这样糖分以及蛋白等就跟不上了，吃起来自然就只徒具外表，丢掉了原本的口感了。
再次，化肥对农作物来讲，就基本相当于我们的口粮，是保证增产的“特效药”。新中国成立以来，我国的粮食单产量翻了两倍，化肥起到了很大的功劳。数据表明，仅玉米单产的增长中，选育品种贡献率36%，施肥占52%，剩余则在农业管理上。1980年代，主要粮食作物的土壤生产力每亩520斤，目前则是每亩660斤，全国耕地目前“营养充足”。如果目前的玉米试验田不用化肥，更不用农家肥，不出三年产量就会直接减半，甚至更多。
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最后，有人认为目前化肥施用量要减量，甚至有人提出了弃用化肥，发展绿色农业。但也有人指出，化肥用量不能减，不然农业产量无法保障。近年来国家的确提出了化肥减量增效。其实不是弃用，而是在于更加合理和科学的施用。过量的施肥会抑制根系潜力的发挥，导致产量受限，所以施肥需要有限度，过量反而适得其反。另一方面，要把不合理的降下来，把量少的提上去。施肥不是简单的减法，甚至有些过量磷钾肥的土地，还需要考虑有机肥还田，增加和补充土地中的钙锌镁等微量元素。
